Tuesday, September 16, 2008

Machina caveat: Segmentation fault!

Fa dies que tenia ganes de fer aquest post. Un recull d'incovenients i avantatges de treballar en Windows, Mac o Linux després de la meva experiència en els tres sistemes operatius.

Windows és actualment el sistema operatiu més emprat arreu del món. Suposà un gran canvi passar de la línia de comandes del MS-DOS al famós Windows 3.11. La idea d'un sistema de finestres era molt clara: ampliar el mercat i fer de la informàtica una eina fàcil per a qualsevol tipus d'usuari. Microsoft es va fer d'or i va aconseguir establir un autèntic monopoli. Molts de nosaltres no vam sentir parlar de cap altre sistema operatiu durant anys. Si per nosaltres l'informàtica és només un hobby, fem servir un nombre d'aplicacions limitat i no volen complicacions, és evident que Windows segueix essent l'opció a seguir. És de fàcil instal·lació, a tot arreu se'n troben i té un paquet de programes prou robust (per ús a nivell d'usuari) que conté quasi tot el que hom pot necessitar. Per aquesta mateixa raó els programes més importants, més comercials i tot el programari de qualsevol andròmina que pugueu connectar a l'ordinador existeix en Windows. Podríem dir que és un sistema operatiu universal. Quina és doncs la seva pega? Doncs que el preu de fer les coses fàcils a l'usuari sovint comporta que el sistema no sigui computacionalment eficaç en temps de càlcul. Si us dediqueu a la programació i elaboreu els vostres propis programes sou molt conscients d'aquest fet: windows és molt lent.
Un altre incovenient és la robustesa d'alguns dels seus programes estrella. Un parell d'exemples: excel i word. Dos programes excel·lents a l'hora de fer documents i tractar dades a nivell d'usuari bàsic. Proveu de carregar el word amb l'editor d'equacions, l'endnote (una base de dades per referenciar articles), una plantilla d'índex, referències creuades i un piló d'imatges i taules penjant del document. Això és una situació rutinària en la redacció d'articles o tesis. Pot ser un autèntic caos, una mena de bomba de dades que en qualsevol moment es penjarà. Hi ha solucions com partir el document (el famós documento maestro), però de nou és només un pas més, si les parts augmenten en tamany i complexitat fotuda l'hem; tard o d'hora tindrem problemes. Excel té un problema semblant per carregar matrius de dades de tamanys grans però sortosament és -d'acord amb la meva experiència- més estable que word. El problema d'excel és que té un paquet estadístic molt millorable i li manquen funcionalitats. Apart queda el taló d'Aquiles del paquet Office... l'inestabilitat al canvi de versions. Si et canvies un document amb algú que té una versió d'office diferent a la teva pots tenir molts problemes -especialment en word.
Un apunt més, per usuaris més avançats. El principal problema de windows és la no integració completa entre l'entorn de finestres i la línia de comandes. De fet és quasi ridícul parlar de la línia de comandes de Windows, desconec com és Windows Vista, però per Windows XP això es limita a una versió millorada del MS-DOS. Aquesta separació absoluta entre els dos termes és deguda a que quasi ningú usa la línia de comanda i tots els programes sota Windows funcionen per tant, sota l'interfície gràfica. La línia de comandes és un sistema molt més primitiu, que es composa de tasques molt més simples que les que podem fer des de l'interfície gràfica, però és precisament això el que li dóna més flexibilitat: d'una manera o altra, més o menys complexa, quasi tot és possible. Com a conseqüencia s'està allunyant a l'usuari expert i semi-expert de l'entorn windows.

Linux és el paradigma del programari lliure. Un entorn que té una doble filosofia molt clara: flexibilitat màxima i cost econòmic zero. Linux té la possibilitat d'emprar la línia de comandes i l'entorn gràfic de manera molt senzilla. Això soluciona, entre d'altres, el problema d'automatitzar fàcilment tasques en funció dels outputs d'un programa. Com generes en windows de manera automàtica taules per un article o gràfiques a partir de les dades que hi ha en un servidor remot? Tots ho hem fet... copy-paste del terminal a l'excel per generar les taules i partint d'aquestes cal crear una per una les gràfiques; després enganxar tota aquesta informació al word o al powerpoint... amb els corresponents problemes de format que això ocasiona. Aquestes tasques són fàcilment automatitzables (i simplificades!) amb un script que tracti els outputs del programa, generi un codi latex per les taules i figures amb el gnuplot, a més a més ens permet fer servir programari lliure que és molt més estable. Havia perdut moltes hores formatant taules i gràfiques durant la meva tesi...
Linux és el sistema operatiu que hi ha instal·lat a la majoria de servidors d'arreu del món. Sota mans expertes és segurament el sistema operatiu més estable que existeix. Tot informàtic amb mínimes nocions treballa o ha treballat amb linux. El seu fort és la línia de comandes, la facilitat amb la que es pot controlar la màquina perquè faci el que vols i només el que vols. El seu inconvenient és l'extrema complexitat del sistema. Un ús a nivell d'usuari és relativament fàcil d'adquirir, així com nocions més avançades que et permetin tenir un bon control de l'ordinador. No obstant crec que puc dir sense equivocar-me que no he conegut a ningú que domini al 100% linux. Sempre hi ha quelcom que s'escapa.
Un altre problema és que la comunitat usuària de linux, degut a la seva complexitat, és més reduïda que no pas la de Windows o la Mac. És clar, això vol dir menys oferta/varietat de programari. Sigui dit aquí que fa anys que no treballo amb linux com a entorn personal, potser algunes coses han canviat, sé que ara és p.ex. molt més fàcilment instal·lable -abans era un dolor. I pel poc que he anat veient s'intenta treballar per fer linux cada cop una mica més senzill d'utilitzar per usuaris no experts. Tot i això li queda un llarg camí per recórrer abans no sigui un clar candidat a competir amb Windows o Mac com sistema preferit per l'usuari estàndard.


Recordo la primera vegada que vaig treballar amb un Mac. Tenia 18 anyets i volia fer un parell de tasques ben senzilles: consultar el meu nou correu electrònic i baixar-me unes fotos d'internet per un treball. A l'aula de l'universitat de ciències de l'educació només hi havia lliure un Mac. Ok, som-hi no serà tan difícil, he treballat amb MS-DOS i Windows... 2h més tard el meu orgull va sucumbir a l'evidència... podia consultar internet, però vaig ser incapaç de guardar les imatges en disc i pujar-les al correu per agafar-les més tard... Els Macs no eren trivials de fer servir; 10anys més tard la realitat és molt diferent.
La principal avantatge del Mac és la integració completa entre l'entorn de finestres i la línia de comandes (Unix). A linux li manquen aplicacions com Automator que permet automatitzar tasques que cridin programes d'entorn gràfic de funcions molt variades (gestor de correu, acrobat, navegador, etc.) amb programari propi que faci tasques molt particulars. Una altra aplicació essencial per Mac és Quicksilver, una mena de majordom que realitza recerques ràpides i permet realitzar accions sobre els objectes/programes trobats. D'aquesta manera un piló de tasques rutinàries són executades de manera molt més ràpida.
Mac presenta un sistema gràfic més friendly que no pas linux, més semblant al de Windows, que el fa un sistema operatiu molt més estès que pas linux. No és doncs sorprenent que com a usuaris de Mac disposem d'una llista de programari lliure molt completa. També es pot trobar per Mac la gran majoria de programes (comercials) que corren sota Windows i s'hi poden integrar molts dels programes (de codi lliure) que corren sota linux. És doncs possiblement el sistema operatiu més compatible amb els altres. Els dos principals inconvenients: a) tenir un Mac sol voler dir comprar un Apple, i aquest sol ser més car que un PC (sortosament la diferència va disminuint amb el temps) i b) la majoria de codis lliures que estan pensats per linux. No sol ser massa complicat compilar programari en linux si disposes d'un paquet complet de llibreries, com el que tenen els centres de computació més importants. Compilar-los en Mac? Tinc tota una gama d'experiències: des de ser molt fàcil, mitjament entretingut o difícil a impossible. Tinc funcionant tots els meus programes, Midas (el codi del grup), Dalton i estic treballant en que Gaussian funcioni, Aces2 ha estat impossible.

Sincerament us puc dir que a dia d'avui no em plantejo deixar el Mac. Per qüestions de feina és quasi impensable que torni a Windows, però no descarto tornar a Linux algun dia. Tot i això, he de reconèixer que segueixo ficat en els tres sistemes operatius... M'he passat el dia treballant en un Mac, des d'on em connectava a un clúster de PCs que corre sota Linux, i ara a l'arribar a casa he engegat el vell PC per escriure aquest post.

Friday, September 12, 2008

Visites (I): En Gerard

Finalment trobo un raconet per poder explicar algunes de les visites que he rebut fins ara. Deixant de banda la visita inicial que em van fer els meus pares i el meu germà l'octubre passat i les vàries occurrències de l'Anna per la segona ciutat més gran de Dinamarca, el meu pis ha tingut l'honor d'allotjar a un fisioterapeuta de renom, Gerard Badia i March, que va venir per la revetlla de St. Joan. En Gerard va arribar un divendres que vam aprofitar sobretot per voltar pel centre d'Aarhus i provar una infinitat de cerveses daneses de diferents tipus. El dissabte vam fer en bici els 10 km que separen el meu pis del Moesgaard Museum, passant per una zona de boscos que ressegueix la línia de mar. En Gerard, com els altres visitants que he portat al Moesgaard s'han queixat que la distància és més llarga i que hi ha massa pujades i baixades [són uns tites...]. Vam visitar el museu i vam anar a sopar a un restaurant típic danès (sí, existeix una mena de cuina típica danesa... un altre dia faré un post sobre això) on vam tastar mil varietats d'areng (la varietat en salsa al curry és coneguda entre alguns químics teòrics radicals com a peix flourescent), salmó, anguila i un altre peix que no vam saber reconèixer; per fer baixar-ho tot un filet de vedella i formatge vell danès. Un tiberi que es van cobrar amb escreix, però bé s'ho valia. El diumenge vam acostar-nos a les zones més allunyades del centre comercial, com el jardí botànic i el molí prop del Den Gamle By (lloc francament evitable). Al vespre vam veure el partit de la final de l'Eurocopa i vam celebrar la victòria de 'La Roja' amb la senyera catalana... no li busqueu massa sentit, no en té. Us deixo la resta de fotos del cap de setmana al webpicasa.

Fem una mica de pàtria avui que ha estat 11 de setembre.


Tuesday, September 2, 2008

Avulsio

Avui al blog d'en JuanMa he trobat un link al blog del País on hi ha a una referència molt completa (i fàcilment comprensible!) sobre l'experiment LHC (Large Hadron Collider) que es porta a terme la setmana vinent (10 de septembre) al CERN de Ginebra. El LHC pot suposar un abans i un després en la concepció que tenim de la física, doncs el xoc de dos protons a una velocitat molt propera a la de llum pot descobrir-nos noves partícules de les que està formada la matèria.
Com a químic quàntic i gran ignorant de la física de partícules, m'ho miro des de la distància conscient que poc canviarà la meva feina. No obstant, m'agradarà seguir-ho doncs possiblement sigui un moment històric per la ciència.

Addendum (9 Setembre 2008):

A Science hi ha un article divulgatiu sobre el LHC, trobo especialment interessant els escenaris que es dibuixen en funció de si es troba o no el bossó de Higgs: es pot donar per acabava una branca de la física, pot suposar un canvi radical en la concepció que es tenia fins el moment o fins i tot es pot quedar completament estancada la recerca en aquesta direcció. Tot això, no obstant, ja ens diuen que molt probablement tardarà a saber-se i que demà simplement comença l'espectacle.

Addendum (28 Setembre 2008):

Després de tanta expectació sobre el LHC ara resulta que l'aparell s'ha espatllat i estarà inactiu fins a la primavera. Podeu trobar més detalls sobre l'averia a Science.


Monday, September 1, 2008

1900 Relay: 10x10km

13 d'abril. M'aixeco a les 7:00 del matí, encara és fosc. Deu fer anys que no m'aixeco a aquesta hora un diumenge sinó és per agafar un avió. Esmorzo light: un plàtan i una mica de pà amb mermelada. 15min més tard em trobo amb en Peter per anar amb bici fins a on comença la cursa, a un 6km de casa. El lloc -un bosc al sud d'Aarhus- està ple de gent que escalfa abans de començar la cursa de relleus: 10x10km, jo sóc el primer corredor i espero que les dues setmanes d'entrenament serveixin d'algo. Faig quatre estiraments i em poso a la cua de gent (hi ha uns 500 participants). Comença la cursa i veig el primer error: posar-se dels últims, em passo els 2km primers al tran-tran doncs és impossible adelantar a ningú, hi ha un tap de gent. Després puc apretar una mica fins a posar-me a una posició intermitja, però el meu físic és limitat i començo a notar-me les cames quan toca pujada als kilòmetres 5-6. Passo el límit psicològic aquell on et sembla que no pots, i ja sóc cap al final del km 8. Minuts després perdro la noció de la meva posició però veig la meta. I a sobre ve baixada, ja està, perfecte! Vinga fem l'sprint final. Adelanto a tothom, sorprès de perquè la gent no s'hi deixa tot en l'últim tram, la gent a la meta m'aplaudeix: estic envalentonat. I llavors veig la trista realitat: a l'acabar la baixada el camí esquiva la meta i fa un gir de 90º i segueix per una pujada assassina; acabo de passar el cartell de km 9. L'últim kilòmetre després d'haver buidat les meves reserves és agònic i frustant, tothom em re-adelanta. No tinc esma ni per sprintar els metres finals, passo el relleu al segon corredor del grup. 55min pels 10km. Podria estar millor, però per ser la primera vegada en molt de temps que corro 10km i donades les circumstàncies em dono per content. Una hora més tard comencen a arribar la resta de corredors. Entre ells un corredor pseudo-professional amb marques personals molt envejables, i el propi Peter que aconsegueix fer els 10km en 38min... el cinquè millor temps dels 500corredors. Un cop recuperat fem frankurts al grill i cerveses mentre els altres corredors van passant. Jo marxo a mitja tarda perquè he d'acabar d'escriure un review que té com a deadline l'endemà. Us deixo la foto del mexicà en el tram final abans d'arribar a la meta, ell és el vuitè corredor. I com a anècdota dir-vos que el novè corredor i el desè es van perdre; aquest l'últim va fer un temps d'1h i 10min. Vam aconseguir patrocini del propi grup per fer-nos unes camistes amb logo del LCTC que hi ha a la foto de dalt. L'equip LCTC va quedar molt ben situat i la jornada va valer la pena. Us deixo algunes fotos de la cursa al webpicasa.

Porca Miseria


Acaba de passar per sobre de casa l'avió que m'hauria de portar de tornada a Aarhus després de baixar per un casament aquest divendres, però jo no hi sóc dins perquè estic amb febre i la gola irratada. No és el millor quadre per agafar un vol a les 6:00 del matí, i fer un dia complet de feina a un país on no ha parat de ploure en les últimes tres setmanes. L'única garantia que tenia és que un cop a Aarhus estaria més fotut encara i em passaria els dos pròxims dies al llit; ja posats me'ls passo a casa a Girona. Així que em perdo ja quasi segur les dues reunions -amb presentació inclosa- que tenia aquesta setmana. Genial... més feina acumulada que haver de recuperar. Com que m'he desvellat i no tinc esma per fer res de feina, aprofito per contestar mails i actualitzar el blog.

Sunday, June 29, 2008

In duplo

He descuidat el blog últimament. I ara, just abans de les vacances aprofito per dir algo, i prometo alguns posts retrassats a la meva tornada:
- Cursa de relleus (Meitats d'abril).
- Visita d'en Gerard a Aarhus (St. Joan).
Aquest cap de setmana estic posant al dia gran part dels resultats de la meva recerca a Aarhus. Per una part el jefe apreta a veure si tenim un borrador decent de l'article aviat, i per l'altra banda m'he de preparar les xerrades a les conferències de les dues setmanes vinents.Dimarts marxo cap al sud d'Itàlia a una conferència que hi ha a Cetraro (Chitel '08) i per qüestions de vols, aprofito per passar un parell de dies a Salerno, on hi ha l'Albert P. de postdoc. El dijous al vespre comença la conferència i el divendres tinc la meva xerrada. El dissabte al migdia faig via cap a la Lamezia, on hi ha l'aeroport de la zona de la Calabria i aprofito per dormir a 2km de l'aeroport, doncs l'endemà toca matinar per agafar el vol amb escala que em porta a Barcelona. No és que el congrés sigui curt... però he de sortir per cames si vull ser a temps al congrés de Girona (Girona Seminar). Té gràcia que per dos congressos que vaig a l'any... s'acabin solapant. Ja a Barcelona em ve a buscar l'Anna i aprofitem per portar cap a Girona dos dels conferenciants del congrés que comença l'endemà.
El congrés dura tota la setmana i aprofitaré per veure a vells coneguts nacionals i internacionals, entre d'altres el que serà el meu jefe a Polònia. La setmana següent me l'agafo de vacances, i després ja torno cap a Aarhus. No són unes vacances massa llargues, però és que no em queden gaire més dies...
Apa, a veure si ens veiem per Girona, i bones vacances a aquells que les feu al juliol!

Sunday, February 10, 2008

Deus Misereatur

Si formeu part d'allò que la gent anomena el món de la recerca (científica), segur que no sou aliens a les discussions sobre les publicacions en revistes científiques. Conceptes com els factors d'impacte (IF) de les revistes científiques, l'índex H d'un autor (dóna una relació de les citacions que rep un autor), i lemes com publish or perish estan a l'ordre del dia en aquestes discussions. No em posaré aquí a donar la meva opinió sobre el tema, doncs em sortiria un post llarg, clarament esbiaixat i probablement molt avorrit.

Només vull fer un petit incís en l'importància relativa de publicar en depèn de quines revistes. Avui repassant els articles de la revista Nature, he descobert als EUA s'ha llençat una revista científica (!) sobre el creacionisme (Nature 451, 382). Em pregunto com faran la revisió dels articles. Admetran, com la majoria de revistes, rebatre un article? Davant de coses com aquestes només puc dir, que Déu els perdoni...

Addendum (2 març 2008)

Avui he llegit un article Evolution: What missing link? (New Scientist, març 2008), on es critica un dels principals arguments dels creacionistes, la falta de nexe (en forma d'evidència fòssil) entre petits i grans vertebrats. Val la pena llegir-lo si us interessa el tema. Gràcies Òscar per la referència a l'article.

Addendum bis (22 abril 2008)

últimament van apareixent notícies sobre aquest tema com bolets. Curiós el que publicava uns mesos enrera el New York Times...

Addendum bis bis (27 juny 2008)

Els creacionistes a favor del pensament crític... Un article a Science Magazine (necessita subscripció) comenta el fet aquesta setmana. He trobat també un blog on ironitzen sobre aquest fet i n'expliquen el contingut.

Addendum bis bis bis (6 febrer 2009)

Ara Science ha tret un issue especial de la seva revista dedicat al 200è aniversari de Darwin. Necessita subscripció; aquí hi ha link.

Homines cum docent discunt

Els dies van passant, i anem recuperant hores de llum a Dinamarca. Avui he comprovat gratament com no es feia fosc fins quarts de sis del vespre, tot un contrast amb finals de desembre, on a quarts de quatre ja no s'hi veia. La fred segueix intermitentment, però el cert és que l'hivern de moment és suportable. A la feina segueixo pagant el preu de fer una nova recerca, però ja estic començant a posar fil a l'agulla. Suposo que ara tindré més temps per treballar, doncs aquest divendres passat vam acabar amb el CC club (CCC).

El CCC va començar com una reunió semanal de 2h, on rotativament presentàvem una part de recerca relacionada amb la teoria de CC, per acabar convertida en una reunió bisemanal de 11-14:30 amb dinar entre mig. Els divendres encarregàvem pizza. Un dia fins i tot van tenir el detall d'organitzar el club a les 8:00 del matí. El CCC ha durat quatre mesos i al final els tòpics han anat degenerant fins arribar a aplicacions remotes del CC. Al principi vaig aprendre molt, però l'últim mes la quantitat de material que revisàvem per setmana era massa com per poder copsar-ho tot. Tot i això, com que ens tocava preparant-nos la sessió de tant en tant, realment calia que ho enteguéssim bé, sovint això volia dir entendre també prou bé les sessions anteriors. La millor manera d'aprendre és ensenyar.